Zotero、Obsidian 和 Codex 分别解决三个不同问题：Zotero 管论文和引用，Obsidian 管自己的理解和知识网络，Codex 帮你在本地文件基础上做整理、检查、改写和研究辅助。

对于长期读论文、做实验、写项目记录的人来说，只把 PDF、代码、截图和零散想法放在文件夹里并不够。真正需要积累的是：读完一篇资料后的判断、某个概念和项目之间的关系、实验失败的原因，以及下一步该做什么。

Obsidian 适合承担“知识加工”的部分。它把笔记保存在本地 Markdown 文件中，又提供双链、反向链接、图谱、Properties 和 Bases 等功能，可以把论文理解、概念、项目和实验记录连接起来。

本文写作与验证时间为 2026-07-06。Obsidian 的界面、核心插件和功能名称可能更新，实际以官方文档为准。